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Cómo se paga una incapacidad del IMSS en 2026

Descubre paso a paso cómo se paga una incapacidad del IMSS en 2026, requisitos, cálculo del subsidio, plazos y errores comunes. Guía completa para empleadores y trabajadores.

Ilustración vectorial de un trabajador recibiendo el pago de incapacidad del IMSS, con documentos y calculadora
Ilustración vectorial de un trabajador recibiendo el pago de incapacidad del IMSS, con documentos y calculadora
Carla Franco
Carla FrancoEspecialista en facturación electrónica y monotributoPublicado: 27 de junio de 2026 · 9 min de lectura

Entender cómo se paga una incapacidad del IMSS es esencial tanto para empleadores como para trabajadores, ya que el subsidio afecta la nómina, el flujo de caja y el cumplimiento fiscal. En este artículo, actualizado a la normativa vigente en 2026, desglosamos cada paso, los documentos requeridos, los cálculos de pago y los errores más frecuentes que debes evitar.

¿Qué es la incapacidad del IMSS y por qué es importante saber cómo se paga una incapacidad del IMSS?

La incapacidad es el beneficio económico que otorga el Instituto Mexicano del Seguro Social (IMSS) a los asegurados que, por enfermedad o accidente, no pueden desempeñar sus labores. El pago se realiza en forma de subsidio, el cual se descuenta de la nómina del patrón y se registra en el CFDI de nómina para efectos del SAT.

Tipos de incapacidad reconocidos por el IMSS

  • Incapacidad temporal: por enfermedad general, accidente de trabajo o maternidad.
  • Incapacidad permanente parcial o total: cuando la lesión deja secuelas que limitan la capacidad laboral.
  • Incapacidad por riesgo de embarazo: cuando el embarazo representa un riesgo para la salud de la madre.

Pasos para determinar cómo se paga una incapacidad del IMSS paso a paso

  1. Obtener el certificado de incapacidad. El médico del IMSS expide el Formato de Incapacidad (código 81) con la duración y el porcentaje de incapacidad.
  2. Calcular la base de cotización diaria (BCD). Se toma el salario integrado del trabajador (salario base + prestaciones) y se divide entre 30.
  3. Aplicar el porcentaje de subsidio. El IMSS paga el 60% del BCD durante los primeros 3 días (no remunerado) y el 100% a partir del cuarto día.
  4. Generar el CFDI de nómina. Incluye el concepto "Subsidio por incapacidad" con el código de percepción 021.
  5. Realizar el pago al trabajador. El patrón entrega el subsidio junto con la nómina regular, descontando la parte que corresponde al IMSS.
  6. Enterar la cuota al IMSS. El patrón debe reportar y pagar la cuota patronal correspondiente a la incapacidad dentro del plazo quincenal.

Ejemplo práctico de cálculo

DíaSalario diario integrado (MXN)Subsidio IMSS (60%/100%)Pago al trabajador
1‑3500.000 (no remunerado)0
4‑10500.00500.00 (100%)500.00
11‑15500.00500.00500.00

En el ejemplo, un trabajador con salario diario integrado de $500 MXN recibe $0 los primeros tres días y $500 diarios a partir del cuarto día. El patrón debe registrar estos pagos en el CFDI de nómina y reportar la cuota patronal al IMSS.

Requisitos y documentos para que el IMSS autorice el pago de la incapacidad

  • Formato de Incapacidad (código 81) firmado por el médico del IMSS.
  • Identificación oficial del trabajador (INE o pasaporte).
  • RFC y número de seguridad social del trabajador.
  • Comprobante de salario integrado (último recibo de nómina).
  • En caso de incapacidad por accidente de trabajo, el informe de la empresa y la denuncia ante la autoridad laboral.

Todos los documentos deben estar digitalizados y subir al portal del IMSS dentro de los 5 días hábiles posteriores al inicio de la incapacidad.

Errores comunes al intentar pagar una incapacidad del IMSS y cómo evitarlos

  • Olvidar los primeros tres días no remunerados: el patrón suele pagar esos días pensando que el IMSS cubre todo, lo que genera sobrepago y sanciones.
  • No actualizar el salario integrado: si el trabajador recibió un aumento y no se refleja en la base de cálculo, el subsidio será menor al que corresponde.
  • Presentar el CFDI sin el código de percepción correcto: el SAT rechaza la nómina y se generan multas.
  • Retrasar la entrega del certificado al IMSS: el pago del subsidio puede quedar suspendido y el trabajador pierde días de ingreso.

Consejo de YoFacturo

Con YoFacturo puedes automatizar la generación del CFDI de nómina, validar el salario integrado y asegurarte de que el código de percepción sea el correcto. Así evitas errores y cumples con el SAT sin complicaciones.

Impacto fiscal y contable del pago de incapacidad del IMSS

El subsidio por incapacidad es una percepción gravada con ISR, pero exenta de IVA. En la contabilidad, se registra como Gasto de nómina y Subsidio por incapacidad IMSS. El patrón debe reflejar el pago en la cuenta de Gastos de Seguridad Social y en la cuenta de Obligaciones con el IMSS.

Recuerda que el SAT exige que el CFDI de nómina incluya el desglose de percepciones, deducciones y cuotas al IMSS. La falta de este detalle puede generar auditorías y multas de hasta 10,000 MXN por cada CFDI incompleto.

Plazos de pago y reporte al IMSS

  • Plazo de reporte: 5 días hábiles después del inicio de la incapacidad.
  • Plazo de pago al trabajador: dentro del mismo periodo de nómina en que se reconoce la incapacidad.
  • Pago de cuota patronal: se debe incluir en la declaración quincenal del IMSS (SMN).

El incumplimiento de estos plazos genera recargos del 2% mensual sobre la cuota no pagada.

Herramientas útiles

  • Portal del IMSS – imss.gob.mx
  • Sat – sat.gob.mx
  • YoFacturo – plataforma de facturación electrónica y nómina.

Resumen rápido: pasos clave para pagar una incapacidad del IMSS

  1. Recibe el certificado de incapacidad del IMSS.
  2. Calcula la Base de Cotización Diaria (BCD).
  3. Aplica el 60% de subsidio los primeros 3 días y 100% a partir del día 4.
  4. Genera el CFDI de nómina con el código de percepción 021.
  5. Entrega el pago al trabajador y reporta la cuota al IMSS.
  6. Guarda todos los documentos en el portal del IMSS antes de 5 días hábiles.

Con estos pasos y la ayuda de una herramienta como YoFacturo, el proceso se vuelve más ágil, preciso y libre de sanciones.

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