Gestión de Negocios
Cómo se paga una incapacidad del IMSS en 2026
Descubre paso a paso cómo se paga una incapacidad del IMSS en 2026, requisitos, cálculo del subsidio, plazos y errores comunes. Guía completa para empleadores y trabajadores.

Entender cómo se paga una incapacidad del IMSS es esencial tanto para empleadores como para trabajadores, ya que el subsidio afecta la nómina, el flujo de caja y el cumplimiento fiscal. En este artículo, actualizado a la normativa vigente en 2026, desglosamos cada paso, los documentos requeridos, los cálculos de pago y los errores más frecuentes que debes evitar.
¿Qué es la incapacidad del IMSS y por qué es importante saber cómo se paga una incapacidad del IMSS?
La incapacidad es el beneficio económico que otorga el Instituto Mexicano del Seguro Social (IMSS) a los asegurados que, por enfermedad o accidente, no pueden desempeñar sus labores. El pago se realiza en forma de subsidio, el cual se descuenta de la nómina del patrón y se registra en el CFDI de nómina para efectos del SAT.
Tipos de incapacidad reconocidos por el IMSS
- Incapacidad temporal: por enfermedad general, accidente de trabajo o maternidad.
- Incapacidad permanente parcial o total: cuando la lesión deja secuelas que limitan la capacidad laboral.
- Incapacidad por riesgo de embarazo: cuando el embarazo representa un riesgo para la salud de la madre.
Pasos para determinar cómo se paga una incapacidad del IMSS paso a paso
- Obtener el certificado de incapacidad. El médico del IMSS expide el Formato de Incapacidad (código 81) con la duración y el porcentaje de incapacidad.
- Calcular la base de cotización diaria (BCD). Se toma el salario integrado del trabajador (salario base + prestaciones) y se divide entre 30.
- Aplicar el porcentaje de subsidio. El IMSS paga el 60% del BCD durante los primeros 3 días (no remunerado) y el 100% a partir del cuarto día.
- Generar el CFDI de nómina. Incluye el concepto "Subsidio por incapacidad" con el código de percepción 021.
- Realizar el pago al trabajador. El patrón entrega el subsidio junto con la nómina regular, descontando la parte que corresponde al IMSS.
- Enterar la cuota al IMSS. El patrón debe reportar y pagar la cuota patronal correspondiente a la incapacidad dentro del plazo quincenal.
Ejemplo práctico de cálculo
| Día | Salario diario integrado (MXN) | Subsidio IMSS (60%/100%) | Pago al trabajador |
|---|---|---|---|
| 1‑3 | 500.00 | 0 (no remunerado) | 0 |
| 4‑10 | 500.00 | 500.00 (100%) | 500.00 |
| 11‑15 | 500.00 | 500.00 | 500.00 |
En el ejemplo, un trabajador con salario diario integrado de $500 MXN recibe $0 los primeros tres días y $500 diarios a partir del cuarto día. El patrón debe registrar estos pagos en el CFDI de nómina y reportar la cuota patronal al IMSS.
Requisitos y documentos para que el IMSS autorice el pago de la incapacidad
- Formato de Incapacidad (código 81) firmado por el médico del IMSS.
- Identificación oficial del trabajador (INE o pasaporte).
- RFC y número de seguridad social del trabajador.
- Comprobante de salario integrado (último recibo de nómina).
- En caso de incapacidad por accidente de trabajo, el informe de la empresa y la denuncia ante la autoridad laboral.
Todos los documentos deben estar digitalizados y subir al portal del IMSS dentro de los 5 días hábiles posteriores al inicio de la incapacidad.
Errores comunes al intentar pagar una incapacidad del IMSS y cómo evitarlos
- Olvidar los primeros tres días no remunerados: el patrón suele pagar esos días pensando que el IMSS cubre todo, lo que genera sobrepago y sanciones.
- No actualizar el salario integrado: si el trabajador recibió un aumento y no se refleja en la base de cálculo, el subsidio será menor al que corresponde.
- Presentar el CFDI sin el código de percepción correcto: el SAT rechaza la nómina y se generan multas.
- Retrasar la entrega del certificado al IMSS: el pago del subsidio puede quedar suspendido y el trabajador pierde días de ingreso.
Consejo de YoFacturo
Con YoFacturo puedes automatizar la generación del CFDI de nómina, validar el salario integrado y asegurarte de que el código de percepción sea el correcto. Así evitas errores y cumples con el SAT sin complicaciones.
Impacto fiscal y contable del pago de incapacidad del IMSS
El subsidio por incapacidad es una percepción gravada con ISR, pero exenta de IVA. En la contabilidad, se registra como Gasto de nómina y Subsidio por incapacidad IMSS. El patrón debe reflejar el pago en la cuenta de Gastos de Seguridad Social y en la cuenta de Obligaciones con el IMSS.
Recuerda que el SAT exige que el CFDI de nómina incluya el desglose de percepciones, deducciones y cuotas al IMSS. La falta de este detalle puede generar auditorías y multas de hasta 10,000 MXN por cada CFDI incompleto.
Plazos de pago y reporte al IMSS
- Plazo de reporte: 5 días hábiles después del inicio de la incapacidad.
- Plazo de pago al trabajador: dentro del mismo periodo de nómina en que se reconoce la incapacidad.
- Pago de cuota patronal: se debe incluir en la declaración quincenal del IMSS (SMN).
El incumplimiento de estos plazos genera recargos del 2% mensual sobre la cuota no pagada.
Herramientas útiles
- Portal del IMSS – imss.gob.mx
- Sat – sat.gob.mx
- YoFacturo – plataforma de facturación electrónica y nómina.
Resumen rápido: pasos clave para pagar una incapacidad del IMSS
- Recibe el certificado de incapacidad del IMSS.
- Calcula la Base de Cotización Diaria (BCD).
- Aplica el 60% de subsidio los primeros 3 días y 100% a partir del día 4.
- Genera el CFDI de nómina con el código de percepción 021.
- Entrega el pago al trabajador y reporta la cuota al IMSS.
- Guarda todos los documentos en el portal del IMSS antes de 5 días hábiles.
Con estos pasos y la ayuda de una herramienta como YoFacturo, el proceso se vuelve más ágil, preciso y libre de sanciones.
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